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文献来源(INSCOPER 文献库标注:Super-Resolution (DRIM))
Mazzella, L., Mangeat, T., Giroussens, G. et al. Extended-depth of field random illumination microscopy, EDF-RIM, provides super-resolved projective imaging. Light: Science & Applications 13, 285 (2024).
DOI:https://doi.org/10.1038/s41377-024-01612-0
图片使用说明:文中论文插图来自该文(Light: Science & Applications,开放获取,Creative Commons CC BY 4.0),未作内容改动,转载时保留作者、期刊与 DOI 标注。
导语
做组织或胚胎成像时,研究者常常面对一个两难:想看清亚细胞细节,就要用高数值孔径物镜和超分辨方法,但这类方法景深很浅,要逐层扫描几十个平面,既慢又“费光”;而很多问题其实只需要一张“把整层结构叠在一起”的清晰平面图。法国马赛 Institut Fresnel 与 IBDM、图卢兹 CBI 团队合作发表的这篇方法论文,把随机照明显微术(Random Illumination Microscopy, RIM)与扩展景深(extended depth of field, EDF)成像结合起来,提出 EDF-RIM:一次采集就得到一个数微米厚度范围内的超分辨投影图像。
研究背景:RIM 为什么适合做扩展景深
RIM 用一系列随机散斑(speckle,激光经过随机相位调制后形成的颗粒状光场)照明样品,再利用多幅图像的方差(即每个像素亮度起伏的统计量)重建超分辨图像。与传统结构光照明显微术(SIM)需要精确知道条纹图案不同,RIM 不需要知道每一张散斑的具体形状,只需要其统计特性。原文指出,此前已证明 RIM 的横向分辨率约为普通宽场的 2 倍,并且对像差较为鲁棒。
扩展景深成像则让探测“焦面”在一次相机曝光内快速扫过一定深度,把不同深度的荧光信号叠加成一幅投影图。问题在于:传统 EDF 图像本身是模糊的宽场投影,背景很重。作者的思路是:既然 RIM 只依赖统计,那么在 EDF 投影条件下,只要满足一定近似,方差重建依然成立。
方法:电调焦透镜 + 散斑照明 + 方差重建

图1.EDF-RIM 原理。a 为光路:照明端用扩散片或空间光调制器(SLM)产生散斑;探测端在与物镜光瞳共轭的位置放置电调焦透镜(electrically tunable lens, ETL),在一次相机曝光内完成焦面扫描;b 为采集时序;c–e 为散斑在 xy、xz 截面的分布及扩展景深点扩散函数(PSF)。
来源:原文 Figure 1;Mazzella et al., Light Sci. Appl. 13, 285 (2024);https://doi.org/10.1038/s41377-024-01612-0(CC BY 4.0)
要点包括:
快速焦面扫描:ETL 焦度在 −1.25 至 5 dpt 之间变化,在作者的配置下,约 50 ms 内可扫过最深约 20 µm 的范围。
理论推导:作者证明,若使用在光轴方向不变的“柱状”散斑(如 Bessel 散斑),任意样品的 EDF 方差都可化为经典 2D-RIM 的形式;若使用普通 3D 散斑,则需要样品在轴向上较“稀疏”(如单层细胞、上皮表面)。本文实验采用的是后一种近似。
重建:每次成像采集约 100–200 幅散斑图像,经预处理后用迭代的“方差匹配”算法重建,并加入 Tikhonov 正则化(一种抑制噪声放大的数学约束)。
主要结果
1. 分辨率:比反卷积的 EDF 宽场提高约 1.7 倍
作者用 phalloidin 标记的培养细胞肌动蛋白骨架(投影深度约 5.5 µm)进行比较,在相同视野与相同光子预算下:EDF-RIM 可以分辨间距 155 nm 的两根纤维,而经 Wiener 反卷积的 EDF 宽场最好只能分辨约 269 nm 的间距。作者据此认为分辨率提升约 1.7 倍。

图2.EDF-RIM(a)、EDF 宽场(b)与反卷积 EDF 宽场(c)对同一细胞肌动蛋白骨架的成像对比;d–f 为局部放大;g 为线轮廓,EDF-RIM 可区分相距 155 nm 的纤维。
来源:原文 Figure 2(CC BY 4.0)
2. 组织成像:速度与光剂量改善约一个数量级
在小鼠空肠上皮桥粒(desmosome,细胞间的连接结构,标记 desmoplakin)样品上,约 5.4 µm 的深度用 EDF-RIM 一次采集即可覆盖;而传统 2D-RIM 需逐层采集 14 个平面。由于单幅图像的激光功率与曝光时间相同,EDF-RIM 的光剂量与采集时间相应减少约 14 倍。放大图还显示,一些结构在 EDF-RIM 投影中清晰可见,而在 2D-RIM 的单个平面中只部分出现。

图3.a 为 EDF-RIM 一次采集的桥粒图像;b、c 为 2D-RIM 的两个层面(z = 3、z = 11,共 14 层);d–f 为局部放大,红、蓝箭头指示的结构在 EDF-RIM 中完整呈现,而在 2D-RIM 中分散于不同层面。
来源:原文 Figure 3(CC BY 4.0)
在活体样品上,作者展示了果蝇原肠胚中 Myosin II 在有丝分裂域形成初期的动态(约 13 µm 投影):EDF-RIM 视频中胞质分裂环的收缩过程平滑可追踪,而逐层 2D-RIM 叠加的视频则显得跳跃;作者报告环闭合动力学的时间分辨率提高超过 10 倍(补充图 S3)。
3. 另一种实现:相位板扩展 PSF
除 ETL 扫描外,作者还在补充材料中演示了第二种方案:在探测光路光瞳面放置阶梯相位板,把轴向 PSF 从 0.65 µm 拉长到 1.6 µm,从而无需扫描焦面;并用其拍摄果蝇卵室中 Myosin-II 微丝的旋转动态(补充图 S5、视频 3–4)。
4. 找回“丢失的第三维”:表面形貌估计
投影成像天然会丢失深度信息。作者提出一个折中方案:先用一组快速、低剂量的逐层图像,在亮点上做分块二次曲面拟合,并用 RANSAC(一种剔除离群点的稳健拟合方法)估计组织表面形貌,再把超分辨 EDF-RIM 图像“贴”到该曲面上,得到三维渲染。

图4.a–d 为以鸡胚神经管紧密连接(ZO-1 标记)为例的形貌估计流程(内点/离群点分类与曲面拟合);e、f 分别为 EDF-RIM 图像投影到神经管与小鼠肠上皮估计曲面上的结果。
来源:原文 Figure 4(CC BY 4.0)
局限与需要注意的地方
样品类型受限:本文实验使用普通 3D 散斑,理论上要求样品沿光轴较稀疏或近似为表面(如上皮层、单层细胞);对体积内分布复杂的样品,作者认为需要 Bessel 散斑等轴向不变照明,这仍是未来方向。
深度信息损失:EDF 本质上是投影,形貌估计只能部分弥补,且不是超分辨层面的三维信息。
共有噪声来源:作者指出,焦外(或积分体积外)的光子噪声、有限散斑数(100–200 张)带来的残余颗粒感,以及低光子数下的相机读出噪声,都会影响重建质量。
对比条件:“约 14 倍”是在 5.4 µm 桥粒样品、14 层逐层扫描与相同单幅曝光条件下的结果;“超过 10 倍”的时间分辨率提升针对果蝇胚胎的特定实验,不宜直接外推到所有样品。
主实验平台为作者自建(Matlab 控制、NI 板卡同步),并非商业系统。
与 liveDRIM 的关联
本文未使用商业 liveDRIM 整机。 ETL 扫描主实验在 Institut Fresnel 的自建显微镜上完成,由 Matlab 和 National Instruments 板卡同步;补充材料中的相位板实验则基于 Nikon TEi、100×/1.49 物镜、Oxxius 激光、Forth Dimension QXGA 空间光调制器与 ORCA-Fusion 相机,仪器界面与同步由 INSCOPER 软件与控制器提供——这一硬件组合与 liveDRIM 的技术路线相近。
作者与 RIM 技术同源。 本文作者与 RIM 方法奠基论文(Mangeat et al., 2021)的作者团队高度重合(如 Anne Sentenac、Thomas Mangeat、Simon Labouesse),论文声明无利益冲突。INSCOPER 官方文献库将本文归入“Super-Resolution (DRIM)”类别。
对用户的意义。 EDF-RIM 展示了 RIM 方差重建框架的一个扩展方向:对上皮、胚胎表层、细胞皮层等“近似二维但有一定厚度”的结构,可在较低光剂量下快速获得超分辨投影图。截至本文撰写时,我们未查到 liveDRIM 商业系统已集成 EDF 模块的公开信息,如有需求请以厂商最新说明为准。
原文信息
题名:Extended-depth of field random illumination microscopy, EDF-RIM, provides super-resolved projective imaging
作者:Lorry Mazzella, Thomas Mangeat, Guillaume Giroussens, Benoit Rogez, Hao Li, Justine Creff, …, Anne Sentenac, Loïc LeGoff
期刊:Light: Science & Applications 13, 285(2024)
许可:CC BY 4.0
本文为对原文的解读,非作者官方译文。
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